Джээнбекаў быў прэм’ер-міністрам з красавіка 2016 па жнівень 2017 году. Паводле афіцыйных вынікаў, Джээнбекаў выйграў выбары 15 кастрычніка, атрымаўшы 54% галасоў. Крытыкі заявілі, што былы прэзыдэнт Атамбаеў выкарыстаў суды, праваахоўнікаў і іншыя рычагі ўлады, каб спрыяць перамозе Джээнбекава.
Галоўны супернік Джээнбекава Амурбек Бабанаў, які атрымаў каля траціны галасоў, сьцьвярджаў, што галасаваньне было азмрочанае парушэньнямі. Міжнародныя назіральнікі назвалі выбары 15 кастрычніка канкурэнтнымі і празрыстымі, але адзначылі, што пры падліку адзначаныя «шматлікія і значныя праблемы», а таксама «злоўжываньне дзяржаўнымі рэсурсамі, ціск на выбарнікаў і купля галасоў застаюцца праблемай».
Інаўгурацыя Джээнбекава зьяўляецца першай мірнай перадачай улады ад аднаго абранага прэзыдэнта да іншага ў краінах Цэнтральнай Азіі пасьля распаду Савецкага Саюзу ў 1991 годзе.