Прысуд быў прыведзены ў выкананьне 21 студзеня 1938 году. Жонка і дзеці ня ведалі пра расстрэл і спадзяваліся, што Сьцяпан Іванавіч жывы. У канцы 50-х яны атрымалі даведку аб рэабілітацыі, у якой гаварылася, што ён «памёр у зьняволеньні».
Праўнук Сьцяпана Іванавіча, выпускнік філязоўскага факультэту Томскага ўнівэрсытэту, 34-гадовы Дзяніс Карагодзін вырашыў усталяваць імёны ўсіх, хто павінен у фальсыфікацыі абвінавачваньня супраць арыштаваных па «Харбінскай справе», і прасачыць злачынны ланцужок — ад крамлёўскіх ініцыятараў Вялікага тэрору да простых выканаўцаў у Томску, аж да кіроўцаў «чорных варанкоў» і машыністак, якія перадрукоўвалі паперы НКУС. Архівы савецкіх спэцслужбаў вельмі неахвотна дзеляцца інфармацыяй, але Дзянісу атрымалася знайсьці мноства дакумэнтаў, якія сьведчыць пра тое, як працавала машына сталінскіх рэпрэсій, якая забівала ні ў чым не вінаватых людзей.
Як ён гэта зрабіў, чытайце артыкул Дзьмітрыя Воўчака са сайце рускай службы Радыё Свабода.
56-гадовы селянін Сьцяпан Іванавіч Карагодзін быў арыштаваны ў ноч на 1 сьнежня 1937 году супрацоўнікамі Томскага НКУС, асуджаны Асаблівай нарадай як арганізатар шпіёнскай-дывэрсійнай групы і рэзыдэнт японскай ваеннай выведкі і прысуджаны да расстрэлу.