Эдмінас Багдонас лічыцца кар’ерным дыпляматам. Ён быў дарадцам прэзыдэнта Валдаса Адамкуса, працаваў амбасадарам у Італіі і Беларусі, займаў розныя пасады ў апараце зьнешнепалітычнага ведамства.
У Беларусі Багдонас працаваў зь лютага 2007 па ліпень 2012 году.
Старшыня партыі БНФ Аляксей Янукевіч згадвае пра гэты пэрыяд працы Багдонаса так:
«Амбасадар Багдонас, на маю думку, працаваў вельмі плённа на карысьць разьвіцьця стасункаў і паміж дзьвюма дзяржавамі, і паміж двума народамі — літоўскім і беларускім.
Багдонас гаварыў па-беларуску. Гэта, на жаль, вельмі рэдка сярод дыпляматаў, якія працуюць у Менску. І таму для мяне гэта сьведчаньне таго, што чалавек ня проста фармальна ставіцца да даручанай яму справы, а душой перажывае за тое, каб сумесная праца прыносіла плён.
Пасьля вяртаньня ў Вільню Багдонас працаваў у апараце МЗС. І тут Беларусь уваходзіла ў сфэру яго інтарэсаў. Я лічу, што для Беларусі гэта было вялікай удачай, што такі чалавек даволі доўгі час быў задзейнічаны ў беларуска-літоўскіх стасунках».
Амбасадараў у Літве прызначае і звальняе прэзыдэнт. Аднак прапанову па канкрэтных асобах уносіць урад са згоды камітэту міжнародных спраў у парлямэнце краіны.